To Αρχαιολογικό Μουσείο Ιωαννίνων, κτίσμα της δεκαετίας του 1960, είναι έργο του διαπρεπούς αρχιτέκτονα Άρη Κωνσταντινίδη. Η μόνιμη έκθεση περιλαμβάνει περίπου 3000 αρχαιολογικά ευρήματα από όλη την Ήπειρο. Τα εκθέματα καλύπτουν μια μεγάλη χρονική περίοδο από την πρώτη εμφάνιση του ανθρώπου στην Ήπειρο έως και τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους.
Οι συλλογές του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων αναπτύσσονται σε επτά αίθουσες, τον κεντρικό διάδρομο και τρία αίθρια, σε συνολική επιφάνεια 1.200 τμ. Τα εκθέματα καλύπτουν μια μεγάλη χρονική περίοδο, από την πρώτη εμφάνιση του ανθρώπου στην Ήπειρο, κατά την Κατώτερη Παλαιολιθική εποχή πριν από 250.000 χρόνια, έως και τη δύση της όψιμης αρχαιότητας κατά τους ύστερους ρωμαϊκούς χρόνους (3ος αι. μ.Χ.).

Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στα ευρήματα από το ιερό της Δωδώνης τα οποία εκτίθενται σε μια αίθουσα αφιερωμένη αποκλειστικά σε ένα από τα σπουδαιότερα μαντεία του ελληνικού κόσμου. Η νέα μόνιμη έκθεση διατηρεί την πανηπειρωτική διάσταση της παλαιάς, όπως την είχε, δηλαδή, εμπνευστεί η πρώτη Διευθύντρια του Αρχαιολογικού Μουσείου Ιωαννίνων Ιουλία Βοκοτοπούλου. Περιλαμβάνει περίπου 3.000 αρχαιολογικά ευρήματα από όλη την Ήπειρο. Η διάρθρωσή της βασίζεται σε τρεις άξονες: ένα χρονολογικό, ένα γεωγραφικό και ένα θεματικό. Συμπλεκόμενοι οι άξονες αυτοί διατρέχουν τη μουσειολογική ροή επιχειρώντας να αναδείξουν την ιδιαίτερη φυσιογνωμία και πορεία της περιοχής κατά την αρχαιότητα.

H πορεία στο εσωτερικό της έκθεσης αποτελεί ένα οδοιπορικό στους βασικούς σταθμούς της οικιστικής οργάνωσης της ευρύτερης περιοχής της Ηπείρου ξεκινώντας από την Παλαιολιθική εποχή και φθάνοντας ως την εποχή της Ρωμαϊκής κατάκτησης. Στις προθήκες της πρώτης αίθουσας εκτίθενται ευρήματα τα οποία εντοπίστηκαν στο πλαίσιο ανασκαφών. Μέσα από την περιήγηση στις επιμέρους ενότητες παρακολουθούμε την μετάβαση από το στάδιο του κυνηγού και του τροφοσυλλέκτη σε εκείνο της κατοίκησης σε εδραίους οικισμούς και της ανάπτυξης δραστηριοτήτων όπως η καλλιέργεια της γης και η κτηνοτροφία.

Η δεύτερη αίθουσα είναι αφιερωμένη στην πολιτειακή και διοικητική οργάνωση της Ηπείρου. Η ιδιαίτερη πολιτειακή οργάνωση των ηπειρωτικών εθνών και οι θεσμοί τους, η οικονομία και οι εμπορικές επαφές των ηπειρωτικών πόλεων με άλλα αστικά κέντρα του ελληνικού κόσμου προβάλλονται μέσα από την πλούσια συλλογή νομισμάτων καθώς και από τις γραπτές επιγραφικές μαρτυρίες.

Η τρίτη αίθουσα είναι αφιερωμένη στους Αιακίδες την βασιλική δυναστεία του έθνους της ενδοχώρας της Ηπείρου, των Μολοσσών. Υπογραμμίζεται ιδιαίτερα ο ρόλος του βασιλέα Πύρρου και η οικουμενική διάσταση της πολιτικής του.
Στις επόμενες αίθουσες εκτίθενται ευρήματα από τις αρχαίες ηπειρωτικές πόλεις (Αμβρακία, Κασσώπη, ) , θησαυροί, ταφικά κτερίσματα, αντικείμενα που σχετίζονται με τις καθημερινές ασχολίες των κατοίκων εκείνης της περιόδου αλλά και αξιόλογα ευρήματα που μας παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες για τις πολεμικές επιχειρήσεις (κράνη, ξίφη, τμήματα από πανοπλίες). Ξεχωριστή θέση στο πλαίσιο της έκθεσης κατέχουν τα ταφικά κτερίσματα ενώ μια ιδιαίτερη ενότητα αποτελεί το κτιριακό φρουριακού τύπου συγκρότημα το οποίο έχει ταυτιστεί με το Νεκρομαντείο του Αχέροντα.
Η τελευταία εκθεσιακή ενότητα είναι αφιερωμένη στον αρχαιολογικό χώρο της Δωδώνης. Εκεί παρουσιάζονται ευρήματα που σχετίζονται με την αρχέγονη λατρεία του Δία , αλλά και με τον ιδιαίτερο λατρευτικό –πολιτικό –διοικητικό ρόλο που διαδραμάτιζε το μαντείο κατά την αρχαιότητα. Ξεχωριστό ενδιαφέρον εμφανίζουν τα παλίμψηστα μολύβδινα πινάκια επάνω στα οποία αναγραφόταν οι ερωτήσεις των προσκυνητών του μαντείου αλλά και οι απαντήσεις τις οποίες λάμβαναν από τους ιερείς του Νάιου Δία.