Η μονή βρίσκεται στην ανατολική πλευρά του νησιού σε μικρή απόσταση από τον οικισμό. Τα ιστορικά στοιχεία για την ίδρυσή της αντλούνται από την αυτοβιογραφία των αδελφών Θεοφάνη και Νεκτάριου Αψαρά, που καταγόταν από αρχοντική ηπειρωτική οικογένεια, μέλη της οποίας κατείχαν σημαντικά αξιώματα στην πόλη των Ιωαννίνων ήδη από τα βυζαντινά χρόνια. Σύμφωνα με τον Αραβαντινό η οικογένεια των Αψαράδων εγκαταστάθηκε στα Γιάννενα από την περιοχή του Κόκκινου Λιθαριού Θεσπρωτίας γύρω στα 1350. Οι αδελφοί Νεκτάριος και Θεοφάνης έπειτα από σύντομη παραμονή στην Μονή Διονυσίου του Αγίου Όρους, θα επιστρέψουν το 1505 στα Ιωάννινα για να ανοικοδομήσουν την μονή Προδρόμου. Οι έντονες αντιδράσεις που συνάντησαν εκ μέρους των πολιτικών και εκκλησιαστικών αρχών των Ιωαννίνων , τους ανάγκασαν ωστόσο να εγκαταλείψουν το Νησί και να αναζητήσουν καταφύγιο στα Μετέωρα όπου και θα οικοδομήσουν τον ναό των Αγίων Πάντων στη Μονή Βαρλαάμ.

Δεν υπάρχουν στοιχεία σχετικά με την ιστορία της μονής του Αγίου Ιωάννη μετά την ίδρυσή της. Είναι ωστόσο γνωστό ότι τουλάχιστον από τα τέλη του 18ου αιώνα συνδέθηκε με την συντεχνία των οινοπωλών (κρασοπούλων), η οποία συνέβαλε στην τοιχογράφηση του καθολικού στα 1789, καθώς και στην επιδιόρθωση των τοιχογραφιών μετά τις καταστροφές που υπέστη η μονή από τα σουλτανικά στρατεύματα το 1821-1822. Στις εργασίες αυτές, που έγιναν σε δύο φάσεις, στα 1824 και στα 1891, συνέβαλε και η συντεχνία των χανιτζήδων, που επίσης συνδεόταν με το μοναστήρι.
Από τη Μονή Προδρόμου σώζεται σήμερα μόνο το καθολικό και μερικά νεότερα κελιά. Στα κειμήλια της μονής ανήκει και μια φορητή εικόνα που απεικονίζει τον άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο καθώς επίσης και σκηνές από την ζωή του, έργο του κρητικού ζωγράφου Μάρκου Μπαθά ο οποίος έζησε και πέθανε στην Βενετία.