Το σημερινό συγκρότημα της μονής Μεταμόρφωσης του Σωτήρα χρονολογείται, στο μεγαλύτερο τμήμα του, στην τελευταία περίοδο λειτουργίας της, στο δεύτερο μισό του 19ου αιώνα. Ωστόσο, η ύπαρξη σφραγίδας της μονής με χρονολογία 1656, φανερώνει ότι το μοναστικό ίδρυμα υπήρχε, τουλάχιστον από το 17ο αιώνα. Επιπλέον, σε έγγραφα του 17ου αιώνα, που σώζονται στα αρχεία της Βενετίας, εντοπίστηκαν μαρτυρίες για χορηγίες προς τη μονή από τον Πάνο Ιερομνήμονα, επιφανή Γιαννιώτη, εγκατεστημένο στη Βενετία. Ωστόσο, η μεγάλη ακμή του ιδρύματος πρέπει να τοποθετηθεί το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα, όταν συνενώθηκε με τη γειτονική μονή Ελεούσας. Το 1822 καταστρέφεται από τους Αλβανούς για να κτιστεί ξανά το 1850 με πρωτοβουλία του δραστήριου ηγουμένου της μονής Ελεούσας Αββακούμ. Ο δραστήριος ιερομόναχος είναι και ο ιδρυτής της Αββακούμειου Ιερατικής Σχολής η οποία θα λειτουργήσει από το 1872 έως το 1922 στο δυτικό τμήμα της Μονής.

Στην σημερινή του μορφή το καθολικό φέρει τον τύπο της τρίκλιτης βασιλικής. Ο κυρίως ναός χωρίζεται σε τρία κλίτη με δυο σειρές από δυο ζεύγη κιόνων και έναν πεσσό στο μέρος του ιερού. Η τοιχογράφηση του ναού, σύμφωνα με την κτητορική θα γίνει στα 1851 από τον αγιορείτη μοναχό Άνθιμο.

Στους πλευρικούς τοίχους του καθολικού διακρίνονται μορφές αγίων ενώ στο δυτικό τοίχο αριστερά της εισόδου υπάρχει η παράσταση του ηγουμένου Αββακούμ ο οποίος κρατάει στα χέρια του , το ομοίωμα του ναού. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον εμφανίζει και το ξυλόγλυπτο τέμπλο καθώς και ο άμβωνας. Στα κειμήλια της μονής ανήκουν οι φορητές εικόνες της Μεταμόρφωσης του Σωτήρα , των αγίων Θεοδώρων και του αγίου Ιωάννη του εξ Ιωαννίνων καθώς και μια ασημένια λειψανοθήκη με τεμάχιο της κάρας της Αγίας Βαρβάρας η οποία κατασκευάστηκε το 1846 επί ηγεμονίας του ιερομονάχου Αββακούμ.