Ο ναός του Αρχιμανδρείου υπήρξε το καθολικό της μονής Αρχιμανδρείου ή αλλιώς Κυράς Χιμαντριώτισσας. To όνομα της το οφείλει στο γεγονός ότι διέθετε το προβάδισμα ανάμεσα στα άλλα μοναστήρια των Ιωαννίνων, καθώς αποτελούσε κατοικία του αρχιμανδρίτη ηγουμένου. Σύμφωνα με μια άλλη παράδοση στην περιοχή του μοναστηριού έβοσκε τα πρόβατα της μια νεαρή κοπέλα η οποία διαπίστωσε πως τα πουλιά απέφευγαν να κουρνιάζουν στον πλάτανο που υψωνόταν ριζωμένος ΒΑ της σημερινής εκκλησίας. Ορισμένοι ανέβηκαν επάνω στο δέντρο για να διαπιστώσουν ότι ανάμεσα στα φυλλώματα του βρισκόταν μια εικόνα της Παναγίας. Με αφορμή το γεγονός αυτό έχτισαν στο συγκεκριμένο σημείο μια μικρή εκκλησία που έγινε τόπος προσκυνήματος και αργότερα μοναστήρι.
Η μονή αναφέρεται για πρώτη φορά στις πηγές το 1383 με αφορμή την μετάβαση του ηγουμένου της Γαβριήλ στην Κωνσταντινούπολη όπου συναντήθηκε με τον αυτοκράτορα Μανουήλ Β Παλαιολόγο. Μια ακόμη επίσημη πληροφορία για το μοναστήρι έχουμε από τη συνοδική πράξη του πατριάρχη Μητροφάνη του Γ (1565-1572) το 1571. Από την πράξη αυτή συνάγεται ότι: α) Το 1571 η πόλη δεν επεκτεινόταν μέχρι το Αρχιμανδρείο. β) Το μοναστήρι ήταν Σταυροπηγιακό, δηλ. ανήκε στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου.
Από τον 15ο αιώνα το Αρχιμανδρείο είναι γυναικεία μονή. Πιθανόν μετά το 1480 να μετακόμισαν οι μοναχές του μοναστηριού της Αγίας Παρασκευής, το μοναστήρι της οποίας κατεδαφίστηκε, όταν η περιοχή αυτή κατοικήθηκε από τους Τούρκους και στη θέση του ανεγέρθηκε το Ναμάζ Γκιαχ τζαμί. Οι μοναχές που διέμεναν εκεί φορούσαν την ίδια ενδυμασία με τις άλλες γυναίκες της εποχής, σε μαύρο όμως χρώμα, για να διακρίνονται. Ασχολούνταν με την ύφανση λεπτών μεταξωτών υφασμάτων, που ήταν γνωστά με το βυζαντινό όνομα ‘Τσίπα’ καθώς επίσης και βαμβακερών υφασμάτων. Παράλληλα συμμετείχαν ως βοηθοί σε όλα τα χαρμόσυνα ή λυπηρά γεγονότα των οικογενειών της πόλεως των Ιωαννίνων. Σε όλη την περίοδο της Τουρκοκρατίας έως τις τελευταίες δεκαετίες του 19ου αιώνα οι μοναχές θα αναπτύξουν και έντονη φιλανθρωπική δράση ασχολούμενες με την φροντίδα των χηρών, των φρενοβλαβών και των φυματικών. Στα τέλη του 19ου αιώνα θα δημιουργηθεί ένα μικρό κοινόβιο με κελιά στα οποία μόνασαν αρκετές κόρες ευγενών οικογενειών της πόλης οι οποίες είχαν μείνει ανύπανδρες.
Σε ότι αφορά την θέση και την ιστορία του ναού , οι πηγές κάνουν λόγο για διαδοχικές φάσεις ανέγερσης όπως μαρτυρούν οι εντοιχισμένες επιγραφές της εισόδου και του υπέρθυρου της νότιας θύρας του Ιερού. Ο ναός θα καταστραφεί με την εξέγερση του Διονυσίου του Φιλοσόφου και θα ανοικοδομηθεί εκ βάθρων το 1627. Η δεύτερη ανέγερση ανάγεται στα 1852 επί αρχιερατείας του μητροπολίτη Ιωαννίνων, Ιωαννικίου ενώ η τρίτη και τελική φάση ανέγερσης θα διαρκέσει από το 1858 έως το 1864.

Στοιχεία του ναού
Στην σημερινή του μορφή ο ναός φέρει τον τύπο της τρίκλιτης θολωτής βασιλικής με τρεις αψίδες ανατολικά και νάρθηκα στα δυτικά ενώ στο δυτικό τμήμα διαμορφώνεται υπερυψωμένος γυναικωνίτης με υπερώο.
Το τέμπλο του ναού είναι μαρμάρινο με στοιχεία νεοκλασσικά. Από τις τοιχογραφίες που κοσμούσαν το εσωτερικό του ναού διατηρούνται εκείνες οι οποίες έγιναν από τον Θεόδωρο Μπουλογιάννη το 1885 και ένα σύνολο τοιχογραφιών στο βόρειο υπερώο που ανάγονται στις τελευταίες δεκαετίες του 19ου αιώνα.
Στο εσωτερικό του ναού φυλάσσονται αξιόλογα κειμήλια του 17ου και του 18ου αιώνα μεταξύ των οποίων ξεχωρίζει η εικόνα της Παναγίας της Αρχιμανδρειώτισσας η οποία ανάγεται στις αρχές του 13ου αιώνα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει και η εικόνα του Επί σοι χαίρει έργο του 1654 το οποίο φέρει την υπογραφή του ζωγράφου, της τελευταίας περιόδου της Κρητικής Σχολής, Θεόδωρου Πουλάκη. Μεταξύ των κειμηλίων συγκαταλέγονται και αξιόλογοι κώδικες που χρονολογούνται από τον 12ο έως τον 18ο αιώνα αλλά και λειτουργικά κειμήλια, όπως ένα δισκοπότηρο του 1672 και ένα ευαγγέλιο του 1884 με αργυρή στάχωση.
Ιδιαίτερη αισθητική που παραπέμπει στα πρότυπα της αστικής αρχιτεκτονικής του τέλους του 19ου αιώνα και των αρχών του 20ου , χαρακτηρίζει και το μνημειακό πυργοειδές καμπαναριό το οποίο χτίστηκε το 1936 σε σχέδιο του αρχιτέκτονα Αριστοτέλη Ζάχου